CRAN Taskview zu reproducible research

Reproducible Research with R and RStudio

• Ein Online Buch mit vielen nützlichen Tipps

Ein Crash Kurs in Reproducible Research mit R

Umsetzung in R

Ein Markdown Dokument mit Rstudio erzeugen

Mein erstes mit R erzeugtes Word Dokument

Erstes Beispiel

Das Arbeiten mit Rmarkdown - erste Schritte

Markdown ist eine sehr einfache Syntax, die es Benutzern erlaubt, aus einfachen Textdateien gut gelayoutete Dokumente zu erstellen.

**fettes Beispiel**
*kursives Beispiel*
~~durchgestrichen~~
- Aufzählungspunkt

fettes Beispiel

kursives Beispiel

durchgestrichen

• Aufzählungspunkt

Weitere Markdown Befehle

### Überschrift Ebene 3
#### Überschrift Ebene 4
[Meine Github Seite](https://github.com/Japhilko)

Überschrift Ebene 3

Überschrift Ebene 4

Meine Github Seite

Weitere Markdown Befehle

• So kann man Bilder einbinden:
• Man kann entweder einen Link angeben:

![BSP](http://e-scientifics.de/content/example_kinderbild.jpg)

• oder einen (Unterordner) in dem das Bild liegt:

![BSP 2](figure/example.png)

• in den eckigen Klammern steht die Bildunterschrift
• alle gängigen Formate (.png, .jpeg,.gif) können so eingebunden werden
• Man kann auch noch weitere Optionen spezifizieren (Größe, Breite etc.) - dazu später mehr

Chunks - Erste Schritte

• Es lassen sich so genannte Chunks einfügen
• In diesen Chunks wird ganz normaler R-code geschrieben

Button um Chunks einzufügen

• Die default Version eines Chunks ist R
• Man hat aber auch die Möglichkeit andere Programmiersprachen einzubinden

Inline Code

n=100

Ein inline Codeblock: 100

Chunk Optionen

• Man kann den Chunks Optionen mitgeben:

• Bei eval kann ein logischer Wert angegeben werden oder eine/mehrere Nummer(n)

Optionen

Optionen für Word Output

Code Hervorhebung

• pygments Hervorhebung

• tango

Das Paket knitr

install.packages("knitr")

library("knitr")

• Das Paket knitr enthält zahlreiche wichtige Funktionen
• Beispiel: Befehl kable um Tabellen zu erzeugen

Eine Tabelle mit kable erzeugen

a <- runif(10)
b <- rnorm(10)
ab <- cbind(a,b)
kable(ab)

Vorlagen verwenden

• Formatvorlagen können verändert werden

1. Ein Word Dokument mit Rmarkdown erstellen
2. Das Dokument in Word öffnen und Format verändern
3. Vorlage als Referenz angeben

Immer das aktuelle Datum im Kopf

date: "08 Mai, 2017"

Ein Schummelzettel

Resourcen

• Interview - Ein Word Dokument mit wenig Aufwand schreiben

• pander: Ein R Pandoc Wrapper

• Einführung in Markdown

• Warum TeX besser als Word ist

Präsentationen mit Rmarkdown - beamer Präsentationen

Beamer Optionen

Beamer Themen

Chunks einfügen

• Auch hier lassen sich natürlich Chunks einfügen
• Wenn cache=T angegeben ist, wird das Ergebnis des Chunks abgespeichert
• Es ist sinnvoll die Chunks zu benennen, dann findet man auch das Ergebnis einfacher

Ergebnis - Cache

Wie man das im Header des Dokuments angibt

---
title: "Intro - Erste Schritte"
author: "Jan-Philipp Kolb"
date: "10 April 2017"
output:
  beamer_presentation: 
    colortheme: beaver
    theme: CambridgeUS
---

Inhaltsverzeichnis I

output: 
  beamer_presentation: 
    toc: yes

Optionen für die Graphikeinbindung

• fig_caption: false, wenn man keine Bildunterschriften haben möchte

Präsentationen mit Sweave

• Das Dokument erstellen

Sweave Präsentation

• Ganz normaler LaTeX Code wird verwendet

Chunks bei Sweave

• Auch hier kann R-code verwendet werden

Chunk Optionen

• Auch bei Sweave Chunks können Optionen mitgegeben werden

Inline Code

• Manchmal braucht man das Ergebnis direkt auf der Folie

\Sexpr{}

Inline Code - das Ergebnis

CRANmirror <- "http://cran.revolutionanalytics.com"
cran <- contrib.url(repos = CRANmirror,type = "source")
info <- available.packages(contriburl = cran, type = x)
nrow(info)

## [1] 10489

PDF Paper mit R

• Mit R ist es möglich Berichte oder Paper zu erzeugen
• Dies eignet sich besonders gut, wenn man viel Code hat oder einen Bericht sehr oft erzeugen muss
• Literatur lässt sich am Besten mit einem bibtex file einbauen

Jabref

• Literaturverwaltungssystem

Referenz mit R bekommen

• Mit dem Befehl citation() bekommt man sehr schnell die Referenz

install.packages("RMySQL")

citation("RMySQL")

## 
## To cite package 'RMySQL' in publications use:
## 
##   Jeroen Ooms, David James, Saikat DebRoy, Hadley Wickham and
##   Jeffrey Horner (2017). RMySQL: Database Interface and 'MySQL'
##   Driver for R. R package version 0.10.11.
##   https://CRAN.R-project.org/package=RMySQL
## 
## A BibTeX entry for LaTeX users is
## 
##   @Manual{,
##     title = {RMySQL: Database Interface and 'MySQL' Driver for R},
##     author = {Jeroen Ooms and David James and Saikat DebRoy and Hadley Wickham and Jeffrey Horner},
##     year = {2017},
##     note = {R package version 0.10.11},
##     url = {https://CRAN.R-project.org/package=RMySQL},
##   }

Das bibtex file einbinden I

Das bibtex file einbinden II

---
title: "R Schnittstellen"
author: "Jan-Philipp Kolb"
date: "21 April 2017"
output: 
  pdf_document: default
bibliography: Rschnittstellen.bib
---

Das Ergebnis

Links

• Optionen für Beamer Präsentationen

• Wie R und LaTeX zusammen funktionieren

Präsentationen - Rpres der einfachste Weg

Eine erste Präsentation

Erste Daten eintragen

• Für Vergessliche:

date()

## [1] "Mon May 08 09:11:53 2017"

Eine Folie mit Formel

• Die Formel kann wie in LaTeX eingegeben werden

$$
\begin{equation}\label{eq2}
t_{i}=\sum\limits_{k=1}^{M_{i}}{y_{ik}}=M_{i}\bar{Y}_{i}. 
\end{equation}
$$

Zwei Spalten

Folie mit zwei Spalten
====================================
Erste Spalte
***
Zweite Spalte

Folienübergänge

transition: rotate

Weitere mögliche Folienübergänge

• none
• linear
• rotate
• fade
• zoom
• concave

Folientypen

Ein neues Kapitel einfügen
====================================
type: section

Anderer Folientyp
====================================
type: prompt

Noch ein anderer Folientyp
====================================
type: alert

Die Schriftart wechseln

• Die CSS Schrifttypen können verwendet werden

Meine Präsentation
========================================
author: Jan-Philipp Kolb
font-family: 'Impact'

Schrifttypen können auch importiert werden

Meine Präsentation
========================================
author: Jan-Philipp Kolb
font-import: http://fonts.googleapis.com/css?family=Risque
font-family: 'Risque'

Kleineren Text

Normale Schriftgröße

<small>This sentence will appear smaller.</small>

Die Präsentation anschauen

• Das Ergebnis ist hier zu sehen:

http://rpubs.com/Japhilko82/FirstRpubs

Eine ioslides Präsentation

ioslides - Der Start

Weitere Dinge tun

• Ein Bild einbinden

![picture of spaghetti](images/spaghetti.jpg)

Ein Logo hinzu

---
title: "ioslides Beispiel"
author: "Jan-Philipp Kolb"
date: "20 April 2017"
output: 
  ioslides_presentation:
    logo: figure/Rlogo.png
---

Tabellen

• Quelle: R Studio, and Presentations, and Git! Oh my!

library(knitr)
a <- data.frame(a=1:10,b=10:1)
kable(table(a))

knitr Engines

• knitr Language Engines

• slidify

slidy Präsentationen

[Was sind Cascading Style Files (CSS)

• Stylesheet-Sprache für elektronische Dokumente
• eine der Kernsprachen des World Wide Webs.
• CSS wurde entworfen, um Darstellungsvorgaben weitgehend von den Inhalten zu trennen

CSS und R

• Custom CSS
• CSS pro tipps

Beispiel CSS

Das CSS ändern

Um den Präsentationstyp zu ändern kann man das CSS verändern

• Cascading Style Sheets (CSS)

• Bspw. lässt sich die Farbe (HTML) ändern.
• Man kann eine andere Schriftart wählen
• Es gibt zahlreiche Möglichkeiten der Schriftformatierung

• Daneben gibt es viele weitere Dinge, die sich mit dem CSS steuern lassen

Ein HTML Dokument erzeugen

Ein Template verwenden

Weitere Vorlagen nutzen

• Es gibt viele Formate - manche müssen erst aktiviert werden:

install.packages("rticles")

Vorlagen für Markdown

Das Paket rmdformats - HTML Output Formats and Templates for ‘rmarkdown’

install.packages("rmdformats")

• ProjectTemplate - Automates the Creation of New Statistical Analysis

install.packages("ProjectTemplate")

• tufte - Tufte’s Styles for R Markdown Documents

install.packages("tufte")

Beispiele für Templates

Beispiel R-Pakete

Paket installieren

install.packages("flexdashboard", type = "source")

Ein Dashboard erstellen mit Rstudio

Mein erstes Dashboard

Gallerie

Links

• Verschiedene Markdown Dokumente zusammen fügen

• Verschiedene CSS Fonts

• Überblick über die verschiedenen Rmarkdown Formate

Notebooks

• Warum R Notebook nutzen

Ein Rnotebook anlegen

Rnotebook - erste Schritte

• Es lassen sich so genannte Chunks einfügen
• In diesen Chunks wird ganz normaler R-code geschrieben

Python Code integrieren

• Ebenso lässt sich Python code implementieren

import sys
print(sys.version)

## 3.5.2 (v3.5.2:4def2a2901a5, Jun 25 2016, 22:01:18) [MSC v.1900 32 bit (Intel)]

LaTeX Code integieren

• LaTeX code wird mit zwei Dollarzeichen gekennzeichnet

Notebook veröffentlichen I

Notebook veröffentlichen II

Jupyter Notebook

• Anaconda installieren
• folgenden Befehl in die Eingabeaufforderung eingeben
• Bei Windows findet man diese, wenn man cmd in Suche eingibt.

jupyter notebook

Start Jupyter Notebook

Beispiel Eingabe Code

Beaker Notebook

• Auch bei Beaker kann man R-code einbauen

Beaker starten

• Beaker installieren …
• … und mit beaker.command.bat starten

Links

• knitr Language Engines

• More engines

• Andere Programmiersprachen können eingebunden werden

• Video - Einführung in Rnotebook

• R Notebooks

• IPython vs knitr, or Python vs R

• Datacamp Tutorial - Jupyter Notebook

• Better interactive data science with Beaker and Rodeo

• Knit directly to jupyter notebooks from RStudio

• Python-Markdown

• Podcast

• Deploying JupyterHub for Education
• JupyterHub - github

• Jupyter autograder

Aufgabe: Bearbeiten Sie ein Notebook weiter

• Suchen Sie folgendes Notebook auf meinem Github Ordner:

• Lassen Sie sich die Raw Version anzeigen

• Laden Sie das Notebook herunter:

• Und bearbeiten Sie es so weiter, dass sie die Geokodierung für eine Adresse bekommen, die für Sie interessant ist (Hbf, Hotel, Restaurant etc.)